Das Project Management Office koordiniert das Verbundprojekt und unterstützt das Steering Committee sowohl organisatorisch als auch administrativ. Es verantwortet die operative Projektleitung, fungiert als Kommunikationsleitstelle und setzt Beschlüsse des Steering Committee um.

StartMiUp wird durch das Steering Committee geführt. Dieses verantwortet die strategische Leitung und besteht aus drei stimmberechtigten und vier beratenden, stellvertretenden Mitgliedern. Es setzt sich qua Amt aus den Leitungspersonen der jeweiligen Gründungseinrichtungen der drei Hochschulen sowie Vertreterinnen und Vertretern der gründungsbeauftragten Transferstellen der drei Hochschulen sowie der Geschäftsführung des Forschungscampus Mittelhessen zusammen. 

Das Operational Team setzt sich aus den dezentral an den Hochschulen und in der Geschäftstelle des Forschungscampus Mittelhessen angesiedelten Modulkoordinatorinnen und Modulkoordinatoren sowie Modulmanagerinnen und Modulmanagern zusammen. Es setzt die einzelnen Maßnahmenpakete  um.